人民法院与仲裁机构的关系，从某种意义上可以理解为诉讼（这里所称的“诉讼”主要是指民事诉讼，以下相同）与仲裁的关系。诉讼与仲裁均属程序范畴，有许多相近之处。诉讼是指国家审判机关在双方当事人及其他诉讼参与人的共同参加下，依法审理民事案件，解决民事纠纷的全部活动，以及由这些活动所产生的各种诉讼法律关系的总和。仲裁，亦称“公断”，是指在一个国家的法律许可或规定的范围内，双方当事人把他们之间的纠纷合意交由他们所选定的非司法机关（第三者），依据双方当事人签订的协议、合同等，在核定事实的基础上，按照一定的程序对纠纷作出裁决的一种活动。从“仲裁”二字的中文含义来讲，“仲”字是指地位居中的意思，“裁”字是决定、判断的意思。由此可见，“仲裁”二字的基本含义是“居中公断”。诉讼与仲裁作为争端解决的方式，它们之间有着密切的联系。仲裁在其产生之初完全在司法管辖范围之外，但随着仲裁的发展，其作用和重要性日益范现。于是，各国纷纷通过立法将其纳入国家法律调控的范围。自从仲裁的法律地位确定后，如何正确地认识、处理诉讼与仲裁之间的关系，摆正人民法院与仲裁机构的位置，已成为司法业内人士无法逃避的一个重要课题。在以往关于两者关系的理论论述和实践中，或偏重于强调法院司法权的完整性，或过分强调仲裁的独立性。诉讼与仲裁虽然是两种不同的法律制度，但两者之间存在着密切的联系，有许多相同之处。
一、关于争端解决权的来源
法院对争端的解决权，源于国家的权力分配机制，因而具有原始性和绝对性，它不以任何人的授权为基础，而且任何人不得通过约定来排除其对争端解决的权力，除非经过国家的特别授权。英国著名法官斯克瑞顿（Scrutton L. J. ）曾有一句名言：“在英格兰，普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣，”就很好地反映了各国对这一问题的态度。但对仲裁而言，它对争端的解决权力则并不具有原始性和绝对性，仲裁须以当事人的合意为基础，如果当事人不同意以仲裁的方式来解决争端，则仲裁庭无权强制当事人提交仲裁。
在这个问题上，诉讼和仲裁各有优缺点。由于法院对案件的管辖权具有绝对性和原始性，因而当事人不能排除其对争端的处理，这有利于争端在一种强制力制约下得到迅速解决；缺点是表面上争端得到了解决--法院作出了判决，并得到了强制执行。但当事人并不一定服气，因而其争议并不一定得到了根本的解决，可能会有一些潜在的危机，从而引发新的纠纷。仲裁由于其管辖权来自当事人之间的合意，因而其缺点是很明显的，即如果当事人之间没有以仲裁方式解决争端的合意，则仲裁庭没有权力来解决当事人之间的协议。但这又是其优点所在，因为一旦当事人达成了合意，则其对仲裁的结果容易接受，因而有利于从根本上解决争端。
二、关于解决争端的能力
（一）法庭与仲裁庭在审理案件时所体现的风貌不尽相同
1. 法庭在审理案件时一般具有以下特点：
第一，比较注重形式性。各个诉讼环节均在比较威严的气氛中进行，这是为了维护司法的尊严和形象；第二，审理案件时一般公开进行，以便接受公众的监督，确保争端得到公正的解决；第三，法院的法官作为国家的司法官，有严格的纪律要求，对法律掌握较为熟练，但对于有关方面的专业知识却较为欠缺。
2. 仲裁庭在解决争端时一般具有如下特点：
仲裁一般在比较轻松的氛围下进行，强调友好和善，不象法院那样具有严格的形式要求，具有非形式性和伸缩性；仲裁庭在解决争端时通常都采用秘密的方式进行，双方当事人可以不用担心泄露有关的信息，如果当事人不同意公开审理，而仲裁庭以公开方式开庭则违反了仲裁法的规定；仲裁员通常由相关领域的专家担任，对于争议的问题能较准确地把握，但仲裁员不属于国家机关工作人员，约束机制相对较弱。
由此可见，纵观两种机制在解决争端时的特点可以看出，仲裁与诉讼各有其优势。法院在解决纠纷的过程中，其优势在于能够维持一种比较威严、正义的形象，有利于满足当事人求取正义，寻求精神上权利救济的要求；而仲裁的优势则在于它的自由性和专业性，因而更适宜解决民商事争端，满足于当事人寻求物质上权利救济的要求。
（二）在采取强制性措施与域外效力方面
1. 仲裁庭无权采取强制措施。与争端解决有关的强制性措施包括为顺利进行案件审理而采取的强制性措施和为裁决或决定的执行而采取的强制性措施。前者主要是诉前或诉讼中进行的财产或证据保全，后者是对裁决或决定的强制执行。法院作为国家机器的组成部分，有权以国家的名义采取强制措施；而仲裁机构是民间机构，它本身无权采取强制措施。
2. 仲裁庭所作出的仲裁裁决容易在他国得到承认和执行。法院的强制力一般仅限于本国领域之内，不能越过一国的主权范围之外具有域外效力，一国法院作出的判决或裁决，很难在另一国得到承认和执行。相反，仲裁机构所作出的仲裁裁决，虽然也没有当然的域外效力，但是因为其审理机构的中立性，加上有《联合国承认和执行外国仲裁裁决公约》的约束，容易在他国得到承认和执行。
三、关于办案程序与制度上的异同
（一）人民法院与仲裁机构行使职能的目的与办案的基本原则是相同的
1. 二者行使职能的目的都是为了解决民商事纠纷。人民法院根据《民事诉讼法》的规定，及时审理案件，依据查明事实、分清是非，正确适用法律，确认民事权利义务关系，制裁民事违法行为，保护当事人的合法权益。仲裁机构仲裁民商事案件是根据当事人事先或事后达成的仲裁协议，以第三者的身份对争议的事项作出裁决，当事人有义务履行仲裁裁决或调解，从而解决纠纷，维护当事人合法权益。无论是人民法院还是仲裁机构，最终目的都是为了解决当事人之间的纠纷，教育公民自觉遵守法律，维护社会秩序、经济秩序，保证和谐社会建设的顺利进行。
2. 二者在审理案件中均遵循以下原则：
第一，独立原则。我国法律规定，人民法院依法独立审判民事案件，不受行政机关、社会团体和个人的干涉；仲裁案件的审理和裁决由仲裁庭独立进行，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。不干涉人民法院的审判活动、不干预仲裁机构的仲裁权，尊重仲裁机构的仲裁权，尊重人民法院的审判权就是人们对国家的法律尊重。因此，仲裁机构的独立性，既是由仲裁的性质和特点决定的，也是由法律赋予的。
第二，先行调解原则。通过调解方式解决民商事争议，是人民法院和仲裁机构在解决民商事争端过程中的优良传统和成功经验。人民法院和仲裁机构审理案件应当根据自愿和合法原则进行调解。从审理过程来讲，要做好法律宣传和思想工作，在查明事实，分清责任的基础上由当事人各方友好协商，就各自的权益作出让步，互谅互让，相互进行妥协并最后达成和解。
第三，对等原则和其他原则。人民法院和仲裁机构在办理案件中，共同遵守权利义务对等原则，法庭在审理案件中，原告、被告、第三人在诉讼中的权利、义务均是对等的；仲裁庭在审理案件中，申请人与被申请人的权利与义务也是对等的。除上述原则之外，在诉讼和仲裁过程中均采用回避原则、辩论原则等。
（二）仲裁机构与人民法院在办案程序上是不同的
仲裁机构毕竟不是司法机关，二者在办案程序及制度上的差异是十分明显的。法院诉讼是强制管辖，仲裁机构仲裁是协议管辖。主要区别于以下几点：
1. 合同中是否订立仲裁条款不同。在纠纷发生前或纠纷发生后双方当事人只要达成请求仲裁的协议，仲裁机构就可以受理案件；而诉讼则不同，一方当事人不用征得另一方当事人同意，只要一方当事人向有管辖权的法院起诉，法院就可以依法受理争议案件，另一方必须应诉。
2. 受案范围与管辖权限不同。仲裁机构只受理平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。但仲裁机构不能仲裁下列纠纷:第一，因婚姻、收养、监护、抚养、继承纠纷。第二，依法应当由行政机关处理的行政争议。仲裁机构也不受理劳动争议和农业集体经济组织内部的农业承包合同纠纷。人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及它们之间因财产关系和人身关系发生的所有民事纠纷案件。关于管辖问题，仲裁不实行级别管辖和地域管辖。而法院受理案件实行强制管辖，包括地域管辖、级别管辖、专属管辖、移送管辖、指定管辖等。
3. 产生审理者的方法不同。诉讼当事人不能选择审判员，仲裁可以由当事人选择仲裁员。审判合议庭的组成方式和组成人员由人民法院指定，双方当事人没有任意选择法官的权利。而仲裁当事人不仅可以约定仲裁机构，约定仲裁庭的组成方式，而且可以各自选定或共同选定他们认为合适的仲裁员，也可以委托仲裁机构负责人为他们指定独任仲裁员或首席仲裁员。
4. 审理方式不同。除非当事人要求公开审理外，仲裁实行不公开审理。仲裁不公开是指案情不公开，裁决不公开，开庭时不得旁听，不接受新闻单位采访。诉讼则实行公开审理，只有某些涉及国家机密或个人隐私的案件，方可不公开审理。
5. 仲裁实行一裁终局，而法院实行两审终审。仲裁机构的裁决作出后，即发生法律效力，当事人不得上诉，也不得向法院起诉；而在诉讼中，当事人对第一审人民法院的判决或裁定不服，可以向上一级人民法院上诉，提起第二审程序。
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