初期的植物新品种侵权案件多为未经品种权人许可，经营者诱于新品种的巨大利润径行授权品种的相关经营活动构成侵权，在审理过程中被告往往也无法提供出其经合法授权的相关证据，案件事实清楚明了，处理起来相对比较简单。随着植物新品种权相关法律及司法解释的出台实施及大量相关案件通过司法途径的解决和宣传工作的大力开展，对侵权行为的打击力度增强，市场上特别是相关行业领域内对于植物新品种权的保护观念日益加强，市场销售中的直接、明显的侵权行为日渐减少，侵权行为的隐蔽性越来越大，因授权不明等原因产生的侵权行为比重逐渐增大，给法院的认定和处理带来困难。
（一）假冒侵权行为的认定及处理
《植物新品种保护条例》第四十条规定，假冒授权品种的，由县级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权责令停止假冒行为，没收违法所得和植物品种繁殖材料，并处违法所得１倍以上５倍以下的罚款；情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。该条款仅规定了假冒品种权的行政责任和刑事责任，而未规定侵权人的民事责任，且从该条规定的本义应当是规范以非授权品种冒充授权品种的行为，类似于专利法中的冒充专利行为。该种违法行为违反的是我国种子标签真实制度和植物新品种保护制度;侵害的是广大种子使用者(不特定人)的公众利益;不侵害品种权人的利益,因此其不属于侵犯品种权的行为。而本文中所谈及的则是有明确指向的假冒他人品种权的侵权行为。
假冒侵权行为分为两种情况，一种是将其他品种以授权品种名义进行包装销售，该种侵权行为由于外部特征明显，容易被权利人发现。但对该种侵权行为是否属于植物新品种侵权，存在不同意见。因为被控侵权人并未实际生产销售授权品种的繁殖材料，而只是使用了该品种名称。2007年我们受理的一起植物新品种侵权纠纷案件中，被告就认为该种行为不属于植物新品种侵权纠纷，而属于普通民事侵权，从而提出管辖权异议。我们认为该种行为应当属于植物新品种侵权，其所侵犯的是植物新品种权人利用品种名称标示所生产、销售品种的名称标记权。因为在该种情况下被控侵权人销售的虽然并非所标示授权品种的繁殖材料，但由于品种名称与该品种的繁殖材料具有唯一的对应性，品种名称的商品标示功能被强化，品种名称所包含的该品种种质特性、商业及生产信誉被侵权者利用，挤占了授权品种繁殖材料的市场份额，消费者在购买过程中依正常理解会认为所购得的品种即为所标示的授权品种，造成授权品种相关权利人销售收入减少的损失甚至因侵权人所销售品种质量低劣而引起公众对授权品种商品信誉及社会评价的降低，而侵权人获取非法利益。对该种假冒侵权行为应比照生产、销售授权品种繁殖材料的一般侵权行为进行处理。
另一种假冒侵权则是将授权品种以其他品种（已获授权品种或普通品种）名义进行销售，其形式上与商标的反向假冒相似，我们将这称之为新品种反向假冒。它的特点及形成原因主要有：
1、侵权行为的隐蔽性更强，普通消费者只是根据产品包装或种子标签来区别是何品种，即使授权品种的权利人或专业的行业主管机关不通过相关技术手段进行鉴定也很难准确判别。大量的授权品种在权利人毫无察觉的情况下进入消费者手中，被发现的侵权行为仅占极少数。
2、被控的经营者往往具有所标示品种的合法经营授权，其在明知不具备授权品种经营权的情况下，将授权品种改头换面进行销售，规避法律与市场监管，破坏了正常的市场经营秩序，侵害了用户的知情权，其侵权的主观恶性更大。
3、被侵权品种的市场信誉较之标示品种往往更高，或在所销售区域的种植适应性更强。经营者在未能获得该品种授权的情况下，利用其他品种的合法授权，将被侵权品种销售给用户，由于该品种的种质特征更优良，对当地土质、水肥、气候、种植习惯等更加适应，在生产效益方面往往有比较良好的表现，用户在不知情的情况下必然将这种优良表现与所标示品种联系在一起，造成所标示品种在当地形成较高的信誉，该品种经营者因而也能获得较好的经济效益。
在涉及新品种反向假冒行为的侵权案件里，品种权人起诉时所出示的基础证据中，对品种的鉴定往往是由权利人单方完成的，在被控侵权方不予认可的情况下就必需由法院委托专业的鉴定机构进行鉴定来。考虑到诉讼效率及诉讼经济，且由于该类假冒行为多发生在销售阶段，权利人一般都能获得种子等繁殖材料，因此利用基因指纹图谱检测等实验室检测方法对所获取的品种实物进行鉴定成为司法实践中的首选，以利于权利人及时维护权益，规范市场经营。
实践中对第二种假冒侵权行为，应当按照《条例》有关直接侵权的规定来认定处理，因为其实际实行了销售授权品种繁殖材料的行为。但对于仅为销售行为者来说，在两类假冒侵权行为中如果无证据显示其与该种假冒行为的产生有关系且能证明其在销售过程中已尽到合理注意义务时，应当免除其赔偿责任。因为如果要求销售者在经营过程中对所标示名称与包装内种子的实际品种作出区分、确认有失公平。合理注意义务的认定应当对销售者的进货渠道是否合法、经营手续是否齐全、所销售产品标示的生产者是否真实无误、对上手关于所标示品种的授权经营证明及生产经营资质的查验是否准确等方面进行严格审查，2006年我院审理的登海种业诉金雨公司、豫玉公司植物新品种侵权纠纷一案中，豫玉公司将原告享有植物新品种权的“登海11号”以“鲁原单4号”的名义生产、销售，经委托鉴定后确认其构成侵权，而金雨公司由于销售的是不需再分装的种子产品，种子包装袋上已标明了种子的相关信息内容，尤其所标注的生产单位与金雨公司的进货单位一致即豫玉公司，相关经营手续齐全，故认定金雨公司已经尽到了合理的注意义务，只要求其承担停止侵权的民事责任。
（二）植物新品种侵权案件中权利用尽原则的适用
权利用尽原则一般是指受知识产权保护的产品，在被知识产权人或其授权人投入市场流通领域后，权利人对该产品享有的法律赋予的特权即行用尽或丧失。此后任何对该产品的处置，如购买、租赁、使用、转卖等，都不构成侵权，权利人无权就此提起侵权诉讼。我国专利法第六十二条规定，“专利权人制造或者经专利权人许可制造的专利产品售出后，使用或者销售该产品的，不视为侵犯专利权”。《植物新品种保护公约》第16条也对植物新品种的权利用尽作了规定，而我国《条例》中并未规定这一原则。由于植物品种作为一种具有生物活性的特殊商品，其生产销售的周期短，季节性强，品种之间的竞争激烈，大部分品种特别是常规粮食作物品种如玉米、小麦等，直接面对终端用户的销售行为一般不可能由权利人自己完成，实践中其产品销售往往都是以划定区域、设定期限的许可经营方式通过层层代理商来完成，但并非所有的销售者都有代理合同来证明自己销售行为的合法性，特别是许多中小型种子经营商户仅是以单独的购进售出来赚取差价利润，如果不能适用权利尽原则来平衡权利人与销售、使用者之间的关系，则众多的销售商户会动辄陷入侵权的境地。故而植物新品种权作为一种新类型的知识产权在保护过程中同样应当适用“权利用尽原则”。结合植物新品种的生物特性，应为在每次生产循环中，品种权人仅能行使一次权利，并得到报酬。在适用权利用尽原则时有一个基本的前提条件，即该授权品种繁殖材料的第一次投放市场是经过权利人许可的。但由于权利人许可形式及内容的不同以及种子经营的自身特点和行业惯例，我们认为在实际操作过程中，应当严格把握适用权利用尽原则的条件，针对不同案件情况，区别对待，而不能仅以该产品系经权利人许可投放市场来认定适用条件成立。我们认为应当主要区别以下几种情况：
1、对签订有授权许可合同的经营者，许可合同一般约定有许可的期限和区域划分，在处理时要严格按照许可合同的约定来确认其经营行为的合法性。实践中往往是被许可方超许可期限或跨区域经营产生纠纷，如在受许可的一个销售季节里由于市场或自身经营的原因导致种子积压，至下一个销售季节在未获许可的情况下继续销售，而此时在同一区域中权利人可能已许可另一单位进行该品种的经营，如果对该种行为不加制止，则必将损害另一被许可经营者的合法权益，扰乱正常的市场经营秩序。此时就不能以被控侵权者所销售的品种第一次投放市场时系经权利人许可而适用权利用尽原则，免除被控侵权者的侵权责任，因为这种情况下权利用尽原则的适用受到双方合同约定的权利义务的限制，也就是说权利人的产品在投放市场时即对被许可的经营者附加了诸如期限、地域等限制。这类被控侵权者在明知超越许可权限的情况下继续其经营行为，其侵权的主观恶意更大,在此不必区分该被控侵权者经营的是不需分包的成品种子还是分包后以自己名义对外销售的种子。而对被控侵权者因产品积压等原因造成的损失可由其依双方许可合同的约定来进行解决以求得利益平衡。在涉及多级授权许可或代理总经销的情况时，就必须严格审查被控方所获授权的性质、范围、具体授权内容等，关键是审查向其授权的上一级经营者是否具有相应的资格，该上一级授权经营者不能超越其所获授权范围而向下一级单位进行授权。
2、在没有获得专门的授权许可的经营者被控侵权的案件中，纠纷主要产生在经营者从品种权人或其许可经营人处购进不需要分包的产品对外销售的，其销售行为不受许可合同的约束，而且这类种子外包装标识明显，准确，所标示的生产、销售者也系品种权人或被许可经营者。其销售过程中向消费者传达的的信息准确，这类案件中可以适用权利用尽原则来处理，但在适用时对种子来源的审查应严格掌握，强化被控侵权者的举证责任。被控侵权者必须同时举出产品的来源、上手经营者取得合法授权的证明、购进时间、购进数量、销售数量、库存数量等方面的详细准确的数据，供法官总体判断，以便确认被控侵权品种是否符合适用权利用尽原则的条件。此类案件中不必区分所销售产品系以品种权人名义还是被许可人名义所生产、销售的。但被控侵权人在销售过程中不能将产品以自己名义进行对外销售，即存在变换包装、标示自有品牌等行为，必须保持产品原包装的完整性。否则仍应确认为侵权行为，这是因为虽然所销售的种子实物系合法取得，但有关该品种产品的其他信息都需要由外包装及种子标签来反映，被控侵权者在改变包装后已经无法完整反映该产品的原始状态，加之许多种子经营企业经营帐目不完善，种子繁育、销售过程监管难度大等现实情况，法院即使在依据被告提供的相关经营账册时也很难准确认定该部分种子系为合法取得，且认定的风险较大，如果认定反而会给侵权者将其他渠道获取的该种品种进行侵权销售时而以此合法的外衣逃避法律制裁提供机会。
（三）国家良种补贴政策执行中的植物新品种侵权。
国家良种补贴政策是国家为鼓励农民种粮积极性，推动农作物良种在农业生产中使用，而对农民使用良种进行补贴。许多地方是由农业主管部门来确定本地适宜品种，面向社会招标确定良种的供应单位，进行统一供种，对种子市场特别是授权品种的经营产生了很大的影响④。据我们了解，在招标过程中，农业主管部门一般只是对投标企业要求种子来源合法，并未直接要求以拥有植物新品种权或合法授权为前提。这就导致中标企业不一定具有该品种权的合法经营资格，在后期的经营活动中，中标企业从自身利益出发，有可能并未再取得合法授权，而是通过其他非法途径经营授权品种，履行中标合同，这样就产生纠纷，被告的行为亦可认定为侵权。未获品种权人授权的中标企业通常是从生产基地或其他单位套购种子，以白袋包装以村组为单位直接发放到农户手主，即使相关权利人发现，也很难获取被告经营的实物证据、相关票据、会计记录等，诉讼困难。我们认为，在涉及良种补贴政策执行过程中的侵权案件中，在权利人提供了相关证据可显示被告并未获得合法授权而以该授权品种中标的，如当地主管部门发布的良种补贴计划、中标公告等，即可应权利人申请向当地农业主管部门调取涉案品种中标及履行情况的证据。在无法获取合同履行的确切证据时，只要没有明确证据证明该中标合同已作废或没有履行，即可根据当地主管部门所发布的相关品种补贴及中标公告为依据，判决被告承担停止侵权、赔偿损失的民事责任。在该类案件中，我们认为一般不宜要求农业主管部门承担连带责任，因为良种的选择系主管部门依据当地农业生产条件确定，对外招标也主要考虑种子价格、企业实力等内容，企业中标后也完全可以从合法渠道获取授权品种，故不应以招投标时未审查投标企业的授权品种经营资格来认定主管部门承担连带责任等。
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